助焊剂的应用方式有多种，较常见的是：

焊膏中的助焊剂，用于表面安装

用于波峰焊或选择性焊接液体助焊剂

用于手工焊接的液体助焊剂

焊丝或焊条中的助焊剂

由于所使用的助焊剂的量很重要，因此这些不同的应用过程会带来与清洁相关的故障的风险等级不同。锡膏助焊剂的风险较小，这是因为使用网板或印刷机来控制锡膏助焊剂的施加量。表面贴装中回流焊残留物造成的故障很少（QFN可能有问题）。
液体助焊剂的使用则带来更大的风险。喷射使用比其他过程可使用更多的助焊剂。如果未进行较佳控制，则该工艺可能会施加比所需更多的助焊剂，从而留下更多的酸性残留物，为潜在的化学腐蚀反应创造更有利的条件，而且液体助焊剂也可能会流向未处于高温下的部分。控制手工焊接过程中施加的助焊剂的量也可能很困难，过量的助焊剂可能在附近的组件下流动，人工熟练程度影响很大。

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