二氧化碳培养箱的制造商们设计了多种不同的装置去减少和防止污染的发生，其主要是防污染设计和消毒灭菌系统的改进，以达到消毒灭菌的目的。如带有紫外消毒功能的二氧化碳培养箱、带HEPA过滤器净化空气的二氧化碳培养箱，以及带高温灭菌的二氧化碳培养箱等，后者又分为高温干热和高温湿热两类。这些装置的灭菌能力各有千秋，紫外灯消毒范围有限，距离灯越远，或者被遮挡，消毒能力越差。HEPA过滤器的过滤膜孔径有限，无法去除病毒和一些微小细菌，并且容易损耗，也有其局限性。相比而言，高温灭菌则是比较有效的方法。而高温干热和高温湿热也有所不同，不同方法的灭菌效率与温度的高低也有着直接的关系。上海润度生物推出的Herocell系列二氧化碳培养箱可进行140℃的高温干热灭菌，当然也可进行90℃的湿热灭菌，为用户的灭菌方式提供了丰富的可选择性。
2、培养工作人员习惯：
人为因素和态度可以对环境、人和物起到一个正面或负面的影响。以安全为目的，实验室内的工作人员应明白自身的态度和人为因素对实验环境的重要性。因此，对实验室工作人员进行培训对防污染有着重要作用。
3、重视管理：
细胞室内的二氧化碳培养箱应由专人负责管理，定期对系统进行校正，至少每年一次。各项数值一旦固定后，不要随意调节，以免影响箱内温度、湿度、CO2浓度的波动，降低机器的灵敏度，同时还会影响二氧化碳培养箱内的细胞生产状态。
使用前，对二氧化碳培养箱的各项指标进行系统校正，并且对箱体和内部进行消毒处理，等各项数值稳定一段时间后方可使用。一旦出现紧急问题，应及时上报，应由的人员进行操作，马上采取应对措施，以免造成不必要的损失。
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