由于方舱医院污水的特殊性，消毒环节至关重要。医院污水消毒处理方法很多，大致可分为物理方法和化学方法两大类。物理方法有辐射法、紫外线法、加热法、冷冻法等。用物理方法对污水进行消毒处理，通常适用于污水量较小的情况，且其处理效果往往不如采用化学法明显，但该法有个**的优点，即**次污染。物理方法中较常用的是紫外线消毒法，具有快速、设备简单、维修方便、**次污染等优点，但其不足之处在于污水前处理要求严格，处理水量较小、易被**物干扰及无持续消毒作用。化学方法包括用卤素，臭氧、重金属离子、阳离子表面活性剂等化学剂处理。其中，较常用的是氯化消毒法和臭氧消毒法。臭氧法杀菌效果较佳，已有100多年的历史，在西欧尤其在法国普遍采用。但臭氧制备及维护费用较高，设备不易管理；同时，由子我国的臭氧发生器性能不稳定、产生臭氧在水中易衰减等原因，故臭氧法在我国很少采用。我国应用较广泛的是氯化消毒法，八十年代常采用法，该法具有处理效果稳定、设备简单、投资省、占地面积小、运转费用低等优点，但安全性较差，必须防止的泄漏，以免造成人员伤亡事故；目前应用较多的次法该法处理效果稳定、设备简单、基建投资省、占地面积少、运转费用低、管理安全方便。