NGS在病原微生物检测的中的应用

1、感染性疾病病原体的鉴定

传统的检测方法主要有涂片镜检，生化反应和*学检测等等，但存在周期长、过程复杂以及灵敏度低等特点。PCR技术的出现部分解决了上述的问题，但是难以解决未知微生物检测的难题。而NGS检测*对病原体进行分离培养，也不依赖于已知的核酸序列设计引物等，可直接对标本进行测序鉴别，大大缩减建库时间，提高诊断效率，尤其在未知病原微生物检测方面有**的优势。

目前NGS在病原微生物鉴定方面主要有两种形式：rRNA多样性测序和全基因组测序，前者偏向细菌、真菌的鉴定以及菌群分析，后者获取的信息更为全面，一般偏重病毒鉴定。

2、病原体耐药及毒力特征检测

在当前的抗生素不规范使用以及宿主*等重重压力下，病原体势必在毒性以及耐药方面有进化。这种高毒性的以及高耐药性的菌株往往是导致感染性疾病发病率、死亡率居高不下的重要原因。

临床上耐药性及毒性检测方法主要是体外药物敏感性试验、耐药菌表型检测等方法。这些方法操作繁琐，且较费时、费力。NGS技术通量高、快速，在一次测序反应中即可获得细菌整个基因组的耐药、毒力等相关基因信息，有助于揭示病原体毒力及耐药机制，对临床**及指导用药均具有重要意义。

3、病原体分型及流行溯源

目前病原体分型方法主要有多位点序列分型、脉冲场凝胶电泳、多位点串联重复序列分析技术等。这些技术可检测病原体的型别，但分辨率较低，对于相似或变异度较高的病原体如病毒等则难以区别。而 NGS则弥补了此项缺陷，通过检测病原体全基因组序列，获得全部遗传信息，被认为是分辨率较高的病原体分型方法。

近年来抗生素的不规范使用甚至滥用，使细菌耐药情况日益**，耐药菌株在医院内的暴发时有发生。NGS技术在对耐药菌等病原体进行分型的基础上，可以判断同源性远近，分辨不同的进化路线，成为追踪病原体不可或缺的重要手段。

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