道教三清大殿中，通常供奉着神态庄严的三位尊神，这就是道教的较高神“三清”：即玉清元始天尊、上清灵宝天尊、太清道德天尊。

道教义枢》卷七引《太真科》说：“大罗生玄元始三气，化为三清天也：一曰清微天玉清境，始气所成；二日禹余天上清境，元气所成；三曰大赤天太清境，玄气所成。从此三气各生”。据《云笈七签》和《道法会元》等道书记载，清微天玉清境，混洞太无元，其气始青，真道升圣境，天宝尊治之；禹余天上清境，其气元黄，仙道升真境，灵宝尊治之；大赤天太清境，其气玄白，人道升仙境，道天尊居之。文曰：“此四种民天，即三界之上，灾所不及四种民天上有三清境。三清之上即是大罗天，元始天尊居其中，施化敷教。天宝君治在玉清境，清微天也。灵宝君治在上清境，即禹余天也，神宝尊治在太清境，即大赤天也。”(《云笈七签》卷三《道教本始部》)又据《集说诠真》引《读书纪数略》云：“三清者玉清圣境，元始居之；上清圣境，道君居之；太清仙境，老君居之。”同时，道教的三清尊神还反映了道教“三洞真经”的神化。《云笈七签》卷六《三洞经教部》说：“《道门大论》云三洞者，洞言洞也。通玄达妙，其统有三，故云‘三洞’。**洞真，*二洞玄，*三洞神。乃三景之玄旨，八会之灵章。”根据《道法会元》卷一《清微道法枢纽》关于清微神位的记载：清微圣祖玉清元始妙道上帝代表洞真经部，太玄辅之，传道教清微派；清微玄祖上清灵宝玉宸大道君，代表洞玄经部，太平辅之，传灵宝派；清微始祖太清道德五灵玄老君代表洞神经部，太清辅之，正一盟威之道通贯三洞，传道德派和正一派。