在低流速或者保温不足造成系统中过多的热量损失、死水区、热水储水罐中的温度分层、冷水管临近热水管温度升高等因素都会导致微生物数量增加，30-45℃之间的温度（有时甚至更低的温度）有助于微生物的繁殖。加热的水和雾化同时存在的系统都有可能滋生军团菌，藻类、细菌、真菌与石灰沉淀物在内管壁及水箱形成生物膜，生物膜易形成于死水区及低流量水区，正是在这些聚集物体上军团菌找到了其生存和发展必不可少的条件。

军团菌（嗜肺军团菌）英文为（Legionnaire），是引起军团菌病的一种急性呼吸道传染病的病原体。

1976年，美国宾夕法尼亚州的费城举办了一次退伍军人会议，参加者中**过200人发生肺炎，其中34人遇难。经查明，这次事件的元凶是一种当时尚未发现的细菌——嗜肺军团菌（该病也因此命名为军团病）。这次事件反映了嗜肺军团菌并非小面积的人与人的传染。

嗜肺军团菌是一种革兰氏阴性菌。这种细菌，是一种细胞兼性寄生的细菌，可入侵变形虫或是人类的巨噬细胞内，该菌会因噬菌作用被伪足包裹进入巨噬细胞，菌体被细胞产生的自噬体包裹起来，阻止了溶酶体的溶解，在这层保护之下该菌大量繁殖，从而引起下呼吸道以及肺组织发生炎症感染。

对于消灭水系统中的军团菌采用的消毒方式如氯消毒、二氧化氯消毒、铜和银的正离子消毒、臭氧消毒、过滤消毒、紫外线消毒、热力消毒等，在水系统加氯消毒法是目前较普遍使用的方法，但研究显示效果不够理想。热力消毒就如同紫外线消毒一样，不需要在系统内加入任何化学物质。热力消毒依靠的是高温杀菌，模拟试验显示，加热冲洗法除菌效果z佳。