NGS在应用中面临的主要挑战
虽然NGS在病原微生物的检测中有着明显的优势，但是也依然面临不少挑战：
1、参考数据库的完整性。微生物检测鉴定的准确性很大程度上取决于参考数据库的范围与完整性；
2、临床标本的复杂性。临床标本来源复杂多样，可能存在病原体信息太少而导致数据丢失或病原体数据混杂在正常菌群中难以区分;
3、NGS测序技术的局限性。目前的分析质量依赖于测序质量、基因组组装的质量以及参考基因组序列的选择和质量；
4、质量控制和标准化。参考基因组的选择，分型方法如何选择等，目前尚未建立不同标本测序前处理和参数设置的统一标准。
NGS技术被认为是一种较具应用前景的实验技术，尽管依然路途艰辛，但随着测序成本的降低以及测序技术的进步，相比较于其他的检测方法，NGS在病原微生物检测行业的优势逐渐凸显，必将成为临床诊断的有力工具。目前国内的基因检测市场空间巨大，临床医师也越来越认识到这项技术的价值，加上目前初始阶段的从业者们在参考数据库构建等方面的持续耕耘，病原微生物基因检测市场有更广阔的空间亟待发掘。
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