羊肚菌种植中的覆土是一个很小的不被人注意的环节，但操作不当，仍旧会对生产造成大的影响。
覆土的目的是将菌种覆盖在土层内。
覆土不会有2个明显问题
1：裸露的菌种容易失水，造成菌种块萌发弱或不萌发，浪费菌种；
2：裸露的菌种容易被环境中的青霉、绿霉或链孢霉侵袭，引发杂菌富集和扩散，进而引发后期的外源营养袋大规模感染。只要覆土，就不会有这方面的问题。
      说到覆土问题就不得不谈播种方式，现行的播种主要有两种，撒播和沟播。             
撒播：土地翻耕→撒播→开沟机翻土→平整覆土层沟播：
土地翻耕→开沟→沟播→平沟覆土，或土地翻耕→播种机一体化完成播种和覆土
播种方式的不同与土壤结构差异有关，粘性较大的土壤因土块较大、粘性较强，而无法开小沟或机械化播种而只能选择撒播后覆土机开沟覆土或人工覆土。本文所述的覆土不大多是这种撒播方式下发生的。而粘性略小、含有一定沙性的疏松土壤，则可直接选用沟播，沟播在速度、效果上要优于撒播，且较容易实现覆土。也可自行改良一些农用的播种机进行自动化播种。如将北方的土豆播种机、玉米播种机进行适当改良后使用。
     覆土之后喷洒一次益富源菌菇益生宝，于菌菇种植的微生物活性复合菌可以促进菌丝生长，提高原基形成几率，达到提高产量的效果

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