1、废水处理设备成本高
随着环保力度的加大，政策要求也越来越严格，目前许多用于处理煤化工废水的设备在技术上还没有跟上步伐，部分能够满足节能环保要求的设备由于研究投入费用高，投资成本大，所以其销售价格也非常高。对于煤化工厂而言，若想购买技术先进、废水处理效果好的设备，其投入的成本也势必增加，为了满足废水处理的高要求，则需要加大废水处理设备的采购成本。另外，废水处理需要使用大量的废水处理净化剂，只要有生产、有废水的排放，就需要源源不断的废水处理净化剂的供应，所以，对于处理煤化工废水而言，除了增加购买新处理设备的资金投入，同时也要加大购买废水处理净化剂的投入。
2、废水预处理存在的问题
对于一些较早建设的废水处理项目，由于当时技术条件有限以及对于废水预处理段还没有足够深的认识，采用的处理工艺路线是脱酸、萃取、脱氨，以此来脱除废水中的氨和酚。因为在PH较高的环境下，萃取脱酚的效果不佳，所以进入生化段的水中含有很高的酚成分。而通过废水处理后，若水中仍然含有较高的酚和氨，则表明没有取得良好的处理效果，处理后的水质仍属于较差的情况。另外，对于一些含油量较高的废水处理项目，在进水波动的情况下，水中含油量非常高，其含量基本上大于1000mg/L，在这种情况下进行废水处理的操作，会使得常规气浮装置面临着严重的泡沫，从而加大了油水分离的技术难度。
3、工艺落后，运行效果不稳定
对于煤化工废水处理而言，其处理的工艺非常多样，但是许多工艺都偏向传统和老旧，在实际运行中效果不够稳定，经过处理的水质仍然难以达到环保的标准。对于一些水质相对清洁的项目，常规的处理工艺可以达到要求，但是大多数煤化工废水项目的废水中水质很差，采用一般工艺很难处理，较终排水的氨氮含量往往都**标严重，无法达到“零排放”的效果。目前，大部分的企业深度出水的COD含量很高，经过检测数据分析，其COD含量普遍在100-200mg/L，甚至有些还要高，因此只有较为少数的企业能保证出水稳定达标，而出水**标对后续的回水用水也增加了工艺的难度。
还有一些废水处理工艺存在设计不够合理的问题，比如污水处理工艺单元功能存在重复流程，不仅增加了处理费用，也使得厌氧负荷偏低，较终处理的效果也不理想。又比如，某些废水处理工艺采用硫酸来调节水的PH值，*导致硫化氢有毒气体的产生，且水质处理设计不够合理，处理效果也不佳。因此很多处理工艺都无法做到“零排放”的效果，这样经过处理的废水仍然达不到直接排放的标准，若直接排放，对环境的危害还是很大。

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