首先它们的编程理念不同，三菱PLC是日系品牌，编程直观易懂，学习起来会比较轻松，西门子PLC是德国品牌，指令比较抽象，学习难度较大，但指令较少，而三菱的指令较多，所以学习三菱和学习西门子的周期是一样的。
三菱的优势在于离散控制和运动控。三菱的指令丰富，有**的定位指令，控制伺服和步进容易实现，要实现某些复杂的动作控制也是三菱的强项，而西门子在这块就较弱，没有**的指令，做伺服或步进定位控制不是不能实现，而是程序复杂，控制精度不高。
过程控制与通信控制西门子是强项。西门子的模拟量模块价格*，程序简单，而三菱的模拟量模块价格昂贵，程序复杂，西门子做通信也容易，程序简单，三菱在这块功能较弱。
所以针对不同的设备不同的控制方式，我们要合理的选用PLC，用其长处，避其短处。
例如：某设备只是些动作控制，如机械手，可选择三菱的PLC，某设备有伺服或步进要进行定位控制，也选三菱的PLC；像中央空调，污水处理，温度控制等这类有很多模拟量要处理的就要选西门子的PLC比较合适，某设备现场有很多仪表的数据要用通信进行采集，选西门子的好控制。
区别非常大，芯片肯定是有所不同的（体现在容量和运算速度上），但最大的区别还是体现在编程软件的思路和结构上。
先拿三菱比较有优势的小型机FX系列和西门子S7-200系列对比：
1、三菱的编程软件从早期的FXGPWIN到近期的GXworks2，和所有的日系品牌一样，该软件的编程思路是自上而下的单一纵向结构，而西门子的MicroWIN则是纵向和横向兼备的结构，而且子程序支持局部变量，相同的功能只需要编一次程序即可，大大减少了开发难度和时间。
2、S7-200一直以来支持强大的浮点运算，编程软件直接支持小数点输入输出，而三菱直至近年推出的FX3U系列才有此种功能，之前的FX2N系列的浮点功能很多人反映有点鸡肋。3、S7-200的模拟量输入输出程序非常简单方便，AD、DA值可以不需编程直接存取的，三菱的FX2N及其以前的系列都需要非常繁琐的FROMTO指令。FX3U如今也支持此功能了，但还是晚了一段时间。
4、CPU226和CPU224XP，标准配置2个485口，即PPI口，最大通讯速度187.5K,三菱FX3U之前的所有系列都是一个可怜的422口，而且速度是9.6K。如果需要连个智能仪表什么的则必须另购FX2N0-485BD等特殊模块。
5、CPU226的程序容量20K,数据容量14K,FX2N总共才8K.后来的3U倒是有所改进。
但三菱的FX2N系列有两个优势，一是高速计数器指令比S7-200方便。二是422口比西门子的PPI口皮实（因为200系列的PPI口是非光电隔离的，非规范操作和仿制的编程电缆可能会导致串口损坏）西门子最近推出的S7-1200系列直接支持以太网接口，而且由于集成了计数和测量、闭环控制和运动控制的工艺，因此FX3U再次被西门子远远追赶。
以上的比较仅仅是小型机。至于西门子的300和400系列以及更大型的TDC系列，这里就*多言了，一句话，谁用谁知道。西门子的PCS7软件也非常博大精深。
学PLC，三菱是很容易上手的，因为直来直去思路简单。从学习的角度讲，肯定是西门子更好。
还有就是西门子PLC的通信口有两个，三菱的有一个，两个通信口可以一个连接下载数据线一个连接触摸屏进行调试程序，否则你就要拔下触摸屏数据线再连接触摸屏数据线来回调整程序有点麻烦。
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