柑橘根系依扦插苗（包括高压生根）或实生苗而异。扦插苗的主根不发达，侧根和须根较多，而实生苗的根系有较强的主根。

柑橘幼苗定植后，首先生长垂直根，然后分出侧根，并横向伸展为水平根，而后才盛发须根。乔化性较强的品种，垂直根生长时间较长，水平根和须根网的形成较晚。这时地下部分大于地上部分，即T/R值小，因此，嫁接的幼树定植后3~5年亦不易开花。矮化性较强的品种，垂直根生长时间比较短，很快便过度至水平根和须根的生长，甚至没有垂直根，即T/R值较大，因此，开花较早，甚至在苗圃便能开花。在一般栽培条件下根毛很少，主要靠须根吸收土壤中的水分和养分。根系具有内生菌根，能显著地促进其吸收养分的能力。在透气良好且富含**质的土壤环境中促发多而粗壮的须根，并会密生成团。根系是吸收水分和养分、固定树体的主要器官，培养深、广、密的根群，是柑橘丰产的重要基础。因此，增施**肥促生柑橘须根的效果很明显。

柑橘根系一年中有3~4次生长高峰，与枝梢生长高峰互为消长。我国南方热带、亚热带地区冬春季温暖，土壤温、湿度均较高，春梢抽发前已开始发根；待春梢大量生长时，根群生长微弱；春梢大部分转绿后根群又趋活跃；夏梢发生前根群达生长高峰，以后在秋梢发生前和转绿后又各出现一次根的生长高峰。干旱年份，早春先发春梢后发根。

柑橘根系的分布广度、深度与品种、砧木、繁殖方法、土壤条件等因素密切相关。例如，土壤性质和土层厚度对柑橘根系结构影响甚大，同是酸橘砧，在水田种植时骨干根呈水平方向分布，没有垂直根，可提早开花结果；在深翻改土后的坡地或河流冲积土上栽植，则垂直根强大而早开花结果。此外，土壤水分过多或过少，或土壤养分过剩或不足，地上部**营养供应不及时等，都将使根系生长严重受阻。

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