木瓜蛋白酶是番木瓜未成熟乳汁中富含的一种巯基蛋白酶，是一种低特异性蛋白水解酶，可水解精氨酸和赖氨酸的羧基端，同时木瓜蛋白酶中还含有一定的溶菌酶和纤维素酶，因此也兼具溶菌和纤维素水解活性。与菠萝蛋白酶相似，木瓜蛋白酶相比于动物源性中性蛋白酶，其活性条件范围为宽泛，同时水解底物专一性较低，能够很好的辅助动物源性消化酶对难消化吸收的食物成分进行精细化的消化吸收。
由于作用相对温和，木瓜蛋白酶在临床疾病**上的应用不如菠萝蛋白酶研究深入，但临床上也有报道木瓜蛋白酶可用于**或缓解腰椎间盘**，辅助化疗药物进行癌症**以及外用*痤疮等药用功效。同时在食品保健应用领域，也见用于产妇通乳、改善便秘、预防和辅助**消化不良等。
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