硅藻土助滤剂的主要缺点是：

1、资源缺乏。生产硅藻土助滤剂需要硅藻含量高的优质硅藻土。尽管我国的硅藻土资源丰富，但绝大多数为中低品位硅藻土矿，难以满足生产要求；

2、生产成本较高。硅藻土的生产工艺较复杂，加之优质硅藻土矿资源价格较高，目前国内硅藻土助滤剂的生产成本一直维持在较高水平；

3、滤速相对缓慢，堆密度较大，按其质量加入往往达不到预期要求，多加又将使成本上升。有人想研制堆密度小的硅藻土型产品，但受到原料物质组分与结构的限制，迄今未取得满意结果；

4、化学稳定性不很理想。硅藻土中的铁、钙等有害成分含量相对较高，并以分离状态存在，所以其溶出率较高，许多饮料、酒类过滤时，铁溶出量高会影响产品的口感和风味。

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