南昌汽车机电学校设有办公室：办公室负责学校的行政、党务、人事日常事务及学校的宣传工作； 　　
政教处：负责学校的学生管理和学籍管理； 　　
教务处：负责学校的教学管理； 　　
总务处：负责学校的后勤管理和学校财产的采购与维护； 　　
团委：负责学校的团员发展、团员的管理和学生各类活动的开展； 　　
教科处：负责学校的教科研课题、论文的收集及评选工作； 　　
招生就业办：负责学校招生和学生的推荐就业工作； 　　
综治办：负责学校的安全保卫工作； 　　
工会九个行政处室：负责学校开展教职工的文体活动和协助办公室做好离退休教职工的管理及信访工作。  
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