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本周技术贴很有趣,正如我们所知道的,没有两份相同的环境样品。被研究的微生物可能处于任何环境,其生存基质就成了大麻烦。所以很难选到一种好的DNA提取方法。还好,在MOBIO我们见识过、听说过几乎所有类型的环境样品,而且知道如何处理。
举以下一个例子……
你好MO BIO技术部,
我正在考虑用你们的PowerSoil Kits做我的实验。事实上我并不是要提取土壤DNA,而是提取外界环境中已经有真菌繁殖的木头和纸片的真菌DNA。
听说需要结合PowerLyzer研磨机使用PowerSoil Kit真菌细胞才能充分破壁,并完全去除木头和纸片的腐植酸。
不过,我担心的是可能在这类样品中含量很高的多糖多。"Inhibitor Removal Technology"能去除掉这些抑制因子吗?是否能告诉我这款盒子足可以对付基质富含多糖多的样品?如果可以,操作步骤上需要做修改吗?
谢谢!
使用小直径研磨珠的PowerSoil和PowerLyzer Soil DNA Isolation Kits可裂解微生物和真菌细胞的同时较大程度减少植物细胞DNA污染,常用来做植物根部和根际微生物研究。真菌细胞需要更强力的裂解,我们建议使用采用0.1mm玻璃研磨珠,在强力珠磨研磨设备辅助下有更高裂解效率的PowerLyzer PowerSoil Kit。再上一篇博文有讨论过具体细节。
来信问题里头,样品是一种富含多的木头和主要成分为纤维素纸浆的纸。除了采样时可能会混进来的土壤和碎片,这类基质含有更多的抑制因子。PowerLyzer PowerSoil Kit非常值得一试。
当然,也有另一种更加高效提取这类样品的试剂盒,PowerPlant Pro DNA Isolation Kit。新推出的PowerPlant Pro是PowerPlant Kit 的快速提取版。PowerPlant Pro也含有PowerPlant Kit一样的IRT技术,只是新增加了一个抑制因子去除试剂盒,叫多分离溶液(PSS)。使用发现,对富含多的植物样品,DNA得率得到了较大的提高(相对于不使用),尤其是本例中富含木质素的木头和纸片。加入PSS溶液可使IRT步骤过程中,核酸与粘稠的多类分离开,始终保持溶解状态。多去除干净了,留下DNA,纯净DNA的得率得到提高。
对于木头和纸片样品,加入PSS溶液可使真菌DNA得率增加,所以建议尝试PowerPlant Pro Kit。
需要注意的是,PowerPlant Pro Kit为了提高对坚硬样品如木头之类的研磨效果,使用了不同的研磨珠套管:2.38mm不锈钢研磨珠。高效地破碎木头释放出潜藏的微生物同时也增加了植物DNA的抽提。若所需的微生物并不在木头组织里头,而是在外层或靠近外层,改用0.1mm或0.5mm玻璃研磨珠,可较大程度减少植物DNA的污染。是否要更换研磨珠套管视样品而已,较好多尝试几种方案,找出较好的方法。
记住,我们会试遍所有东西,包括研磨珠套管。所有非常鼓励你也去尝试各种方法,研究出自己的操作流程。
你的样品*一**,有时需要尝试各种类型研磨珠或试剂盒才能获得较佳的结果。若需要帮助,请随时联系我们。
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