为了制造及运输生质燃料会产生污染、二氧化碳排放及使用水资源、化肥。在地生产使用生质燃料可以减少这些问题，但是就算在地生产，生质燃料在环保上可能还是不值得，甚至有些研究显示、一些已经量产的生质酒精在经济上都是不值得──例如制造玉米酒精所需要的能量会**过玉米酒精能提供的能量。
用桐油树可用于生产生质燃料，但有些人认为还是要避免以下状况：有些*三世界地区的农民，把原本用来生产粮食作物的土地，拿来种植能源作物；就算能源作物本身不可食、也可以在不食之地种植，但是还是有减少粮食生产的危险性。
采用废弃食用油来生产生质柴油不会占用食物来源，被认为是目前真正值得推广的生质燃料，但是废油中含有许多无用物质，会增加生产问题。
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